Die ursprüngliche Idee der Jet Alsace bestand darin, zu tieferen Tarifen und bei besserem Service in Konkurrenz zur Air Inter ab Basel-Mulhouse nach der französischen Hauptstadt zu fliegen. Neben einer MD-83 sollte auch die DC-8-71 der früheren Point Air übernommen werden und auf Langstrecken nach der Karibik und La Reunion eingesetzt werden. Obwohl die Betriebsaufnahme für Frühjahr 1988 vorgesehen war, musste Jet Alsace bis im Oktober desselben Jahres warten, bis sie von der französischen Zivilluftfahrtsbehörde die Betriebslizenz erhielt. Ein Grund für die Verzögerung war der Absprung des bisherigen Hauptkunden Nouvelles Frontières zur damals wieder neu ins Leben gerufenen Aéromaritime.

Mit je einer von Minerve ad-hoc gemieteten MD-83 und DC-8-53 wurde ab 15. November 1988 viermal pro Woche zwischen dem EuroAirport und Paris-Orly geflogen. Allerdings litten die Kurse oft unter grossen Verspätungen, da die Vergabe von Slots in Paris immer wieder hinausgezögert wurde.

Die Sommersaison 1989 liess sich gut an, flog man doch bereits ab Mitte Mai mit einer gemieteten MD-83 der Minerve regelmässig nach Stockholm, Monastir, Heraklion, Izmir und Palma de Mallorca. Bereits am 10. Juli wurde die verlustbringende Linie nach Paris aufgegeben. Obwohl die Lieferung von zwei eigenen, werksneuen MD-83 für Januar und März geplant war, traf die erste Maschine dieses Typs erst am 27. Juli auf dem EuroAirport ein. Sie wurde auf den Namen „Le Rhin“ getauft. Aus finanziellen Gründen verzögerte sich die Lieferung der zweiten Maschine, die wiederum über die Minerve erworben wurde, bis Mitte 1990, doch konnte von ILFC eine andere MD-83 aus Beständen der zwischenzeitlich aufgelösten British Island Airways (BIA) mietweisse übernommen werden. Einen ersten Grossauftrag erhielt Jet Alsace durch die Vermietung ihrer Maschine an Air France, welche diese für Charterflüge nach verschiedenen Destinationen in Nordafrika einsetzte. Bald gehörten auch Tagesflüge nach Venedig und Nürnberg zum Programm der Jet Alsace. Pläne für Langstreckenflüge nach Banjul und Bangkok mit einer gemieteten DC-8-73 der Minerve wurden allerdings nicht in die Tat umgesetzt. Am 22. März 1990 gab die Balair am EuroAirport Pläne für eine enge Zusammenarbeit mit der Jet Alsace bekannt, die allerdings nie umfassend verwirklicht wurden. Selbst eine finanzielle Beteiligung stand zur Diskussion (zu diesem Zweck wurde sogar eine Balair France gegründet), ohne dass jedoch weitere konkrete Schritte folgten. Bald darauf meldete Jet Alsace ihre Ambitionen im Liniengeschäft an, sollten doch ab dem EuroAirport Flüge nach London-Gatwick, Berlin-Tegel, Warschau, Prag, Budapest, Athen, Palma de Mallorca sowie auch wieder nach Paris-Orly aufgenommen werden.

Der Anfang 1991 aufflackernde Konflikt um Kuwait mit dem anschliessenden Golfkrieg, liess diese Pläne jedoch platzen. Auch die Beschaffung einer dritten MD-83 musste aufgeschoben werden. Ebenso zerrann der Traum, mit einer Boeing 767-300ER Langstreckenflüge zu unternehmen. Obwohl die meisten Reiseveranstalter den Beginn ihrer Sommer-Charterketten auf Ende Juni verschoben, gelang es Jet Alsace einmal mehr, einen Grossteil der Charteraufträge ab dem EuroAirport und ab Strassburg an sich zu reisen. Dies war vor allem auch deshalb möglich, weil die baslerische Esco-Reisen der kleinen Airline (und somit auch dem EuroAirport) in dieser schwierigen Zeit die Treue hielt. In den Wintermonaten von November bis März konnte allerdings kaum mehr als zwei bis drei Ketten pro Woche nach den Kanaren oder Ägypten geflogen werden, ein Umstand, der dem Unternehmen jeden Winter jeweils sehr zu schaffen machte. Zusätzliche Probleme kamen auf, als die Muttergesellschaft Minerve mit Air Outre Mer zur AOM French Airlines fusionierte und die Jet Alsace abgestossen werden musste. Im Februar 1992 konnte mit dem Besitzer der Heli-Inter, Claude d’Albronn, ein Kaufvertrag unterzeichnet werden. Die Jet Alsace war noch einmal gerettet...

Mit drei MD-83, einem neuen Erscheinungsbild und 70 Angestellten sollte es 1992 aufwärts gehen. Doch blieben viele der alten Probleme bestehen. Zu Beginn der Sommersaison verfügte Jet Alsace über kein eigenes Flugmaterial, so dass Woche für Woche in halb Europa Flugzeuge gesucht werden mussten, um die Flüge durchführen zu können. Aus finanziellen Gründen wollte die Guinness Peat Aviation Jet Alsace nur gerade ein Flugzeug überlassen; gebraucht wurden an den Wochenenden jedoch mindestens deren drei. Doch dann konnte mit der slowenischen Adria Airways ein Zusammen-Arbeitsvertrag abgeschlossen werden, der auch die Miete einer MD-82 vorsah. Noch vor Ende 1992 scheiterte diese Kooperation jedoch, und auch die Pläne zur Übernahme aller drei Airbus A320-200 der Adria Airways mussten aufgegeben werden.  So konnten nur gerade 20 der ursprünglich 32 geplanten Charterketten ausgeführt werden. Dennoch wurden in diesem Jahr durch Jet Alsace mehr als 100'000 Passagiere ab dem EuroAirport in die Ferien geflogen, was damals rund einem Drittel des Charterverkehrs des Flughafens Basel-Mulhouse entsprach.

Das Jahr 1993 begann wie gewohnt mit neuen Problemen, musste doch am 17. Februar erstmals die Bilanz hinterlegt werden, da die Schulden bereits auf 40 Millionen französische Francs aufgelaufen waren. Als Retter erschien nun wie aus heiterem Himmel der ägyptische Financier Fadi Saab, der im April die „scheintote“ Jet Alsace übernehmen wollte. Mitte Mai genehmigten die französischen Behörden eine Übernahme durch dessen Transcapital Holding und auch eine Umbenennung in Trans Alsace. Mit der neuen Finanzspritze konnte der Betrieb mit zwei MD-83 wieder aufgenommen werden, und im Sommer 1993 konnten bereits wieder mehr als zwanzig wöchentliche Charterketten ab Basel-Mulhouse, Strassburg und Stuttgart durchgeführt werden. Ende 1993 sollte die Trans Alsace mit der allerdings nie aktiv gewordenen Transportugal und der ägyptischen Transmed zu einer neuen multinationalen Fluggesellschaft namens Transeurope fusioniert werden. Weiter geplant waren eine Transcontinent mit Sitz in Brüssel sowie eine Transorient in Beirut, in deren Auftrag die Transeurope auch Zubringerflüge hätte ausführen sollen. Keiner dieser hochfliegenden Pläne konnte je realisiert werden. Und schlussendlich konnten nicht einmal mehr die Leasinggebühren für die zeitweise eingemieteten Boeing 737-400 der Transmed bezahlt werden.

Wie zu erwarten war, stand die Trans Alsace anfangs 1994 einmal mehr ohne Fluggerät da und die Zukunftsaussichten präsentierten sich unsicherer als je zuvor. Erneut wurde im Nahen Osten Hilfe gefunden, stieg nun doch die ägyptisch-kuwaitische Shorouk Air überraschend als Partner ein und stellte der Trans Alsace zwei ihrer Airbus A320-200 zur Verfügung. Dies passte jedoch den Behörden in Paris nicht in den Kram, und sie untersagten der Trans Alsace kurzerhand den Einsatz der Maschinen. Begründet wurde dieser Entscheid damit, dass das Fluggerät wenn nicht im eigenen Land, so doch innerhalb der EU eingemietet werden soll. Noch einmal gelang es der Trans Alsace den Flugbetrieb zumindest mit einer Airbus A320-200 weiterzuführen. Das Ende kam dann allerdings sehr plötzlich, als am 03. Juli 1994 nach der letzten Landung des Airbus A320-200 aus Larnaca der Flugbetrieb wegen Zahlungsunfähigkeit eingestellt werden musste. Am 8. Juli meldete das Unternehmen beim Handelsgericht Mulhouse den Konkurs an, dies nach dem Fadi Saab wegen angeblicher Veruntreuung von Firmengeldern verhaftet worden war.

Nochmals wurde der Gesellschaft eine zweiwöchige Frist eingeräumt, um sich neue Geldgeber zu suchen. Ein angebliches Kaufinteresse seitens der Balair wurde ohne Angaben von Gründen kurz vor der Unterzeichnung zurückgezogen. Damit war wieder eine im Elsass beheimatete Airline ausgeschieden. Nicht zuletzt, weil sie bei der Suche nach Geldgebern eine unglückliche Hand hatte.

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